结膜炎的治疗因病因不同而异。眼睑可用清水和干净毛巾轻轻洗净，去除分泌物。如为细菌性结膜炎，可滴用抗生素眼药水或药膏。医生有时会用棉签擦下一点分泌物送实验室检查，再根据检查结果调整用药。一般结膜炎不需用皮质类固醇眼药水。如考虑是疱疹病毒性结膜炎，则绝对不要滴用皮质类固醇眼药水，其可能使病情加重。

治疗原则在于控制炎症，阻止其蔓延扩散，以局部用药为主。细菌性结膜炎：常用眼药水：珍珠明目滴眼液、复方磺胺甲噁唑钠滴眼液、盐酸萘甲唑啉滴眼液、色甘酸钠滴眼液及牛磺酸滴眼液等。白天每1～2小时一次眼药水，晚间涂红霉素眼膏及盐酸金霉素眼膏等眼膏。病毒性结膜炎：可点0.1%疱疹净、0.2%阿糖胞苷、4%吗啉双胍等。同时适量用抗菌素眼药水，以预防混合感染。

由于感染性结膜炎传染性很强，患者在洗眼或滴药前后均应洗手。此外患者也不要触摸了患眼又去触摸另一眼，用于清洁患眼的毛中和浴巾应与其他毛巾分开。

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